《办法》的修订旨在着力解决实物地质资料汇交、保管与服务利用中存在的主要问题，使之能够更好地适应新形势下构建全国实物地质资料管理与服务体系的需要，进一步提升实物地质资料的管理与服务水平。包括以下几个方面：
按照转变职能、简政放权的要求，进一步理清和明确国土资源部、省级国土资源主管部门、国家级实物地质资料馆藏机构、省级实物地质资料馆藏机构及受委托保管单位、汇交人的管理工作职责，提出了“分类筛选、分级保管”的工作思路。原8号文按照地质工作项目的性质和资金渠道划分实物地质资料管理的职责分工；新《办法》首先按照实物地质资料的重要性、典型性、代表性，将实物地质资料分为Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ类，在此基础上，明确职责分工，其中，Ⅰ类实物地质资料由国家级馆藏机构筛选、验收、保管并提供服务；Ⅱ类由省级馆藏机构筛选、验收、保管并提供服务；Ⅲ类由汇交人自愿保管。
《办法》进一步细化了实物地质资料汇交、验收程序要求，确保工作程序更加简便，更具可操作性。首先，汇交人只需通过地质资料汇交监管平台报送实物地质资料目录清单，不必再向国家和省级地质资料馆藏机构分别报送纸质实物地质资料目录清单；第二，实物地质资料筛选结果，统一由省级馆藏机构答复汇交人，告知汇交人是否需要汇交实物地质资料，不必由国家级馆藏机构和省级馆藏机构分别答复。
同时《办法》规定，由省级馆藏机构在实物地质资料目录清单中筛选确定Ⅰ、Ⅱ类实物地质资料总目录清单，商国家级馆藏机构从中筛选确定Ⅰ类实物地质资料目录清单。因此，在一定程度上强化了省级馆藏机构在实物地质资料汇交过程中发挥的作用，既符合“简政放权”的要求，也有利于发挥省级馆藏机构的积极性，促进省级层面的实物地质资料管理工作。
实物地质资料汇交监管是确保资料有效汇聚的重要手段，是资料服务利用的基础保障。《办法》提出，实物地质资料目录清单的报送和转送，实物地质资料汇交通知书、无Ⅰ类Ⅱ类实物地质资料回执、验收交接单的印送均通过全国地质资料汇交监管平台办理，以实现对实物地质资料汇交的全程在线监管，对于监管平台显示汇交人未依法履行实物地质资料汇交义务的，由国土资源主管部门负责进行催缴。在法律责任方面，《办法》规定，不依法汇交实物地质资料或在汇交中弄虚作假的，依照地质资料管理条例第二十条和第二十一条的规定进行处罚。
库房设施是实物地质资料安全保管最重要的基础设施，没有完善的库房设施，实物地质资料的管理无从谈起。结合各地建设岩心库房等的实际需求，《办法》在附件中提出了《实物地质资料馆藏建设要求》和《实物地质资料保管要求》。其中，馆藏建设要求就实物地质资料馆舍建筑、设施与设备、人员、经费、馆藏、业务工作等方面提出了统一的标准，有利于指导各单位建设功能完备、经济适用的实物地质资料库房设施；“保管要求”提出了实物地质资料入库保管和埋藏保管的技术方法及要求，确保实物地质资料的长期安全保管。
在市场经济体制下，既要做好实物地质资料的社会化公益服务，同时也要培育市场化有偿服务。按照权责统一的原则，实物地质资料馆藏机构和受委托保管单位的日常经费为国家财政支出，因此应积极向社会提供公益性服务；对于汇交人而言，实物地质资料保管费用自行解决，因此《办法》规定其可按市场原则向社会提供服务。实现两种服务模式相辅相成，最大限度地调动汇交人的实物地质资料保管与服务利用积极性。
现代科学技术的发展日新月异，为了进一步提高服务效率与水平，在做好传统的观察、取样测试等服务的同时，《办法》鼓励开展实物地质资料信息化建设，提出要建立全国实物地质资料目录数据库、重要地质钻孔数据库及其他实物地质资料数据库，引导实物地质资料服务向“大数据”时代迈进。