松科2井岩心和岩屑等实物资料取样与研究实行首席科学家负责制，取样规范按照国土资源实物地质资料中心相关规定执行。钻探基础数据和其他数据由首席科学家责成地学研究室相关人员，按中国地质调查局及ICDP规范采集和发布。
松科2井岩心在钻井现场保存期间原则上不允许取样，但确有地质应急研究或工程需要可酌情安排岩心取样。取样位置严格控制在不浇铸的2/3岩心一侧，且不破坏现有标识，样品大小在30g以内（或磨制岩石薄片的最小用量）。取样人需持有首席科学家或总地质师经首席科学家授权的签字审批表，交与实物中心相关岩心管理人员方可取样。取样后岩心管理人员在审批单上填写取样情况（见表7）。岩屑现场取样流程同岩心，现场岩屑取样量合计不得超过每包岩屑总量的1/3；在不影响后续研究情况下原则上鼓励岩屑现场取样，以便于尽早开展相关研究。
岩心和岩屑的现场取样，原则上需要所需取样的相关研究人员分别提交取样申请，然后经现场相关负责人员协调后，一次性完成所有现场取样工作。松科2井岩心岩屑样品，需要做到“物尽其用”，所剩付样暂时由取样研究人员保管，以备后续研究长期使用。
在松科2井实施期间，由DIS系统采集的钻井、测井和录井等相关信息将即时上传至ICDP服务器。钻井进度及每日要闻将实时发布在ICDP网站并同步链接至中国地质调查局网站v