一是行政法规、部门规章不能适应市场经济和新形势要求，需要修订《地质资料管理条例》、《岩矿心管理通则》等相关法规和部门规章。对于实物地质资料收管用方面的行业标准和技术要求几乎空白，亟需尽快研制。体制机制和机构设置方面不能满足实物地质资料管理方面的需求，全国实物地质资料管理工作未达到精细化管理要求。
二是全国实物地质资料管理工作还存在应交未交、欠交、应管未管，汇交监管执法不严等问题，汇交机制需要进一步强化。部分省由于实物地质资料库房建设滞后或未开展等原因，实物地质资料未能妥善保管，已阻碍实物地质资料管理工作。全国实物地质资料服务工作尚处于起步阶段，还不能满足社会应用需求，需要强化实物地质资料服务研究。
三是国家馆实物地质资料馆藏资源不够丰富，服务产品匮乏（特别是缺少有针对性的专题、应急服务产品），服务方式有限，网络化服务落后，服务效果不显著，对省级馆技术指导和业务支撑不够等问题。
四是与国外发达国家相比，我国实物地质资料管理与服务体系建设处于起步阶段，全国实物地质资料汇聚和综合集成尚未完成，全国实物地质资料数据库尚未创建，实物地质资料信息数据提取、集成和二次开发尚属空白，信息化水平较低，无法实现全国岩心等实物地质资料网络化共享。